Si sono conquistati la copertina della rivista scientifica Nature Biotechnology gli scienziati che hanno partecipato allo studio internazionale SEQC, guidato dalla Food and Drug Administration (FDA), l’ente per il controllo di alimenti e farmaci negli Stati Uniti.
Fra questi anche i ricercatori del team italiano diCesare Furlanello, responsabile dell’Unità Modelli Predittivi per la Biomedicina e l’Ambiente, appartenente al Centro ICT della Fondazione Bruno Kessler di Trento.
Lo studio, pubblicato sull’ultimo numero di Nature Biotechnology, ha riguardato i cosiddetti “sequenziatori” di nuova generazione, piattaforme utilizzate per replicare molecole biologiche (ad esempio il DNA) in tempi molto rapidi e a basso costo. Una tecnologia che offre importanti applicazioni cliniche e un’accelerazione dello sviluppo di nuovi farmaci. Nello studio sono stati individuati procedimenti per il controllo di qualità dei dati e dei metodi informatici, anche confrontando fra loro diversi laboratori per stabilire degli standard comuni.
Al consorzio per il controllo di qualità del sequenziamento (SEQC)hanno partecipato più di 160 ricercatori provenienti da 94 istituzioni di 15 Paesi in tutto il mondo. I ricercatori FBK in particolare hanno realizzato una delle procedure bioinformatiche alla base dell’analisi dei dati.
“Questo progetto”, dichiara Cesare Furlanello, “ci vede assieme ai laboratori bioinformatici internazionali di riferimento per la ricerca di biomarcatori con queste nuove piattaforme. In FBK abbiamo sviluppato una tecnica bioinformatica di conteggio dell’espressione genica e un modello per identificare la modalità di azione di sostanze tossiche ignote. Siamo sicuramente cresciuti molto per rispondere alle richieste del consorzio, confrontandoci con un’enormità di dati. L’esperienza ci aiuterà anche in altre ricerche e nei contatti con i centri in Usa e in Cina che sono leader del settore”.
Il progetto si presenta come unico nel suo genere, basti pensare che sono stati prodotti e studiati complessivamente più di 100 miliardi di sequenze genetiche e oltre 10 Terabyte di dati grezzi. La Fondazione Bruno Kessler di Trento si è accreditata a farne parte in seguito alla partecipazione, come unico partner italiano, allo studio MAQC2, la fase precedente del SEQC terminata nel 2010. “Era stato un lavoro molto complesso”, sottolinea Furlanello, “e i nostri modelli erano risultati tra i più accurati, tenendo bene il passo con i laboratori USA”.
Per maggiori informazioni:
– Lo studio su Nature Biotechnology:
http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n9/full/nbt.2957.html
– La copertina di Nature Biotechnology: http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n9/covers/index.html
– Unità Modelli Predittivi per la Biomedicina e l’Ambiente FBK: http://mpba.fbk.eu
